Sein Vater, ebenfalls Nikolaus Kopernikus, kam aus Krakau und war ein wohlhabender Kaufmann. Die Mutter von Kopernikus, Barbara Watzenrode, entstammte einer einflussreichen Familie aus Thorn.
Kopernikus hatte einen älteren Bruder namens Andreas und eine Schwester namens Barbara. Andreas wurde Priester, und Barbara wurde Nonne und später Äbtissin.
Nach dem Tod seines Vaters, als Kopernikus etwa 10 Jahre alt war, kümmerte sich sein Onkel Lukas Watzenrode, der Bischof von Ermland (Warmia) war, um seine Erziehung. Lukas Watzenrode spielte eine wichtige Rolle in Kopernikus' Leben und förderte seine Bildung.